V roku 1937 japonská armáda postupovala zo Šanghaja a zaútočila na Nanjing, ktorý bol hlavným mestom Čínskej republiky. Chiang Kai-Shek, ktorý bol prezidentom republiky, nariadil svojim elitným jednotkám evakuáciu. Vláda tiež postupovala proti rieke Jang-c'-ťiang. Vodcovia armády si mysleli, že je lepšie viesť opotrebovávaciu vojnu s najlepšími jednotkami vo vnútrozemí, ako nechať armádu zničiť v Nanjingu. Na obranu mesta však zostali desaťtisíce vojakov. Dostali rozkaz brániť mesto až do smrti. Civilisti sa pokúsili utiecť, ale mnohí boli chytení v meste, pretože mosty, cesty a doprava z Nanjingu boli zničené, aby sa spomalil japonský postup a aby sa jednotky a civilisti udržali v meste.
Správy o dobytí mesta cudzincami žijúcimi v meste a samotnými Číňanmi sú o rozšírenom znásilňovaní a nezmyselnom zabíjaní civilistov. Odhady počtu zabitých Číňanov v období šiestich týždňov po tom, čo Japonci obsadili mesto, sa značne líšia. Odhady počtu úmrtí sa líšia. Bolo ťažké to vedieť, pretože veľa tiel bolo spálených v horiacich domoch a budovách a mnohé boli hodené do riek. Došlo k veľkému rabovaniu a trestným činom proti vojakom aj civilistom. Možno by bolo pre vládu lepšie, keby pomohla civilistom utiecť a nechala armádu únikovú cestu. Alebo možno boj na život a na smrť, ktorý sa odohral v Šanghaji aj Nankingu, zapôsobil na Japoncov, ktorí boli tiež známi bojom na život a na smrť v druhej svetovej vojne.
Mauzóleum uvádza, že pri masakre bolo zabitých 300 000 ľudí. Iné odhady sa líšia od menej ako 200 000 do viac ako 300 000 zabitých ľudí. Jedným z dôvodov rozdielnych odhadov je, že niektoré odhady sa vzťahujú na celý mestský región Nanjing a niektoré odhady sa týkajú iba hlavného mestského centra.
Pamätník postavila mestská vláda Nanjing v roku 1985 a v roku 1995 bol rozšírený.